Athanasius Kircher nació en Geisa (Alemania), el 2 de mayo de 1602. Fue el último de los nueve hijos del teólogo alemán Johann Kircher, en cuya extensa biblioteca Athanasius descubrió pronto el placer de los libros.
En 1618, a los 17 años, ingresó en el noviciado jesuita de Paderborn. La Guerra de los Treinta Años le obligó a interrumpir sus estudios de filosofía y a huir de la ciudad a pie, a través de la nieve, hasta Colonia, donde completó su formación. Fue profesor de filosofía, matemáticas y lenguas orientales en los colegios de Heiligenstadt, Mainz y Wurzburgo. En aquel tiempo estuvo muy interesado en el magnetismo, tema de su primer libro, Ars Magnesia (1631). Su interés por la escritura jeroglífica le dio cierta fama y eso hizo que en 1635 el Papa Urbano VIII lo nombrara profesor de matemáticas en el Colegio Romano, puesto que desempeñó durante ocho años. En 1643, relevado ya de sus obligaciones docentes, se dedicó por entero al estudio y a la investigación. En 1651 fundó, junto al Colegio Romano, el denominado Museo Kircheriano, uno de los primeros muesos de la ciencia abiertos al público, donde reunió una extensa colección de artefactos, curiosidades naturales y aparatos científicos. Gran número de investigadores, artistas (como el propio Velázquez) y personajes de la nobleza acudieron a visitarle y a recibir su magisterio.
En 1618, a los 17 años, ingresó en el noviciado jesuita de Paderborn. La Guerra de los Treinta Años le obligó a interrumpir sus estudios de filosofía y a huir de la ciudad a pie, a través de la nieve, hasta Colonia, donde completó su formación. Fue profesor de filosofía, matemáticas y lenguas orientales en los colegios de Heiligenstadt, Mainz y Wurzburgo. En aquel tiempo estuvo muy interesado en el magnetismo, tema de su primer libro, Ars Magnesia (1631). Su interés por la escritura jeroglífica le dio cierta fama y eso hizo que en 1635 el Papa Urbano VIII lo nombrara profesor de matemáticas en el Colegio Romano, puesto que desempeñó durante ocho años. En 1643, relevado ya de sus obligaciones docentes, se dedicó por entero al estudio y a la investigación. En 1651 fundó, junto al Colegio Romano, el denominado Museo Kircheriano, uno de los primeros muesos de la ciencia abiertos al público, donde reunió una extensa colección de artefactos, curiosidades naturales y aparatos científicos. Gran número de investigadores, artistas (como el propio Velázquez) y personajes de la nobleza acudieron a visitarle y a recibir su magisterio.
Ahanasius Kircher falleció en Roma en 1680, a los 78 años, y fue enterrado en el Gesú, aunque dicen que, siguiendo su deseo, su corazón fue extraído y llevado a la iglesia de San Eustaquio, cuyas ruinas él mismo había descubierto, excavado y reconstruido posteriormente.
Kircher publicó multitud de ensayos sobre los temas más diversos, especialmente Egiptología, Geología, Física, Medicina, Matemáticas, Música, Arqueología y Paleografía.